生於高雄，1982年畢業於國立藝專音樂科（現國立臺濳藝術大學），曽仼國防部示範樂隊、臺北市立交響樂團首席，1988年赴法國馬爾梅頌國立音樂院最高級班，隨教授布里儂學琴。1989年畢業返國後，擔任國家交響樂團樂團首席直至2021年8月退休，9月起擔任國立臺灣藝術大學音樂系客座教授。

累積三十五年豐富的舞臺經驗，經常獲邀至國內外演出。2002年應法國在台協會之邀錄製法國三百年繪畫展音樂CD以及音樂會演出，並與俄羅斯愛樂室內樂團錄製韋瓦第的 《四季》專輯；2007年起擔任「Salut Taiwan 夏綠台灣」國際音樂節的音樂總監，2008年創立「NSO首席絃樂團」，演奏技術↑定。除各項音樂活動及指揮演出，吳庭毓地積極致力於教仼教於臺灣藝術大學、臺北藝術大學以及臺灣師範大學。